元、明之間，承先啟後，應是由南宋末期的金華、永嘉事功學派的啟發。而後繼起的河東薛敬軒、姚江王陽明，門庭分立，遞相興替，但始終不出宋儒朱熹的道問學，與陸象山尊德性兩者的藩籬。明代唯一特點，即是百家爭出，模擬禪宗的公案語錄，開創儒家學案的著作，對於經義家法，完全寂默無聞。自嘉靖到神宗以後，一如東漢末代，大臣學士，起與太監爭權，終於構成東林黨禍的巨變，促使民變與盜賊相結合，以致於亡。但崇尚儒學的清代學者
，卻綜合宋、明儒家與漢儒經師而作比類，認為「兩漢名教，得儒經之功，宋
、明講學，得師道之益，皆於周、孔之道，得其分合，未可偏譏而互誚也。」但對明代儒學，又不能不另加公允的論斷，因此便說：「揆之周禮，有師無儒
，空疏甚矣。然其臺閣風厲（指如張居正等），持正扶危。學士名流，知能激發。雖多私議，或傷國體，然其正道，實拯世心。」例如此等兩非兩是的案語
，完全猶如老吏斷獄，先入其罪，而又筆鋒一轉，為之巧妙開釋，真如刀筆吏的含混妙文，可為拍案叫絕。

清朝初建於東北邊鄙的滿洲，但自建都盛京（遼寧瀋陽）開始，即知為政之道必須首重儒士，於是起用明末先世流徙東北而歸順旗下的儒生，如范文程
、甯完我等輩，為之參照明朝政體，建立規模。范文程是宋代名臣范仲淹之後
，為皇太極、順治、康熙繼統初期的三朝重臣。

康熙親政開始，英年好學，特別重視儒家經說，兼習西洋天文、曆數等學
，與李光地、熊賜履、魏象樞、張英、方苞等君臣師友之間，尊重周、孔經義
，襲用明朝以來的程、朱章注取士制度，且在戰亂之中，起用前朝歸順敦品勵行的儒臣。如湯斌、陸隴其等輩，形成以儒家禮義治天下的一朝吏治，清官循吏輩出。但在民間隱居不屈的大儒，有鑒於明末儒林空疏迂闊的流弊，平居講學，以經世之學和師儒之道自任，如孫奇逢（夏峰）、黃宗羲（百家）、王夫之（船山）、李顒（二曲）、顧炎武（亭林）等輩，皆是影響清朝二百餘年來用儒家經義的經世之學，一變宋明理學諸家徒事心性的迂疏理念，轉而注重漢學訓詁的考據，終使清儒兩百餘年的經學，大有超越漢、唐之勢。如阮元所輯的（皇清經解）一千四百卷，凡一百八十種。咸、同以後，又有王先謙續編二百九十卷等，確實蔚為奇觀，學者雖窮畢生之力，亦難盡窺細緻。至於重視考據，而發展為近代的考古學的先導，其功更不可沒。

但從順治開始，由康熙、雍正而到乾隆三代，雖然外示尊重儒家經學，重用敦品勵行的儒者以牢籠天下士子的異心，而對王室自修內明的心性之道，三代相習，皆以潛心佛學以配合外用之術，如康熙的重譯《般若心經》，雍正的專志禪宗，整肅佛教，乾隆童年即隨其父雍正學禪，後又禪密兼修，自譯密乘《大威德金剛儀軌》等事，殊非一般儒家學者所能理解。但乾隆對心性之學的精闢，不如父祖兩代在事功上的深刻鍛煉，故繼位以後，流為偏好詞章文藝，因此促使乾、嘉七八十年間的清代文學，大有直追唐、宋而過之的風格，降至道光時期，承平日久，社會風氣奢靡，文人學士，大多沈酣於風花雪月文詞麗句之間，如著名的詞人項鴻祚（蓮生），自序憶雲詞所說：「不為無益之事，何以遣此有涯之生。」學者誦而悲之。由此可知道光、咸豐之間的文風日變，憂時憤世如龔自珍（定盦）、魏源等人，有鑒於此，即乘時立說，注重西北蒙藏邊防與海防外禍的實用事功論議，激起同儕友好林則徐燒毀鴉片的豐功偉烈
。同治以後，文運再變，其中翹楚，便是清史所譽的中興名臣曾國藩（滌生），用其畢生學術與事功的實踐心得，述而不作，選輯《經史雜鈔》一書，顯示其於經世學術的大要，至於曾國藩家書一類的瑣言，乃其餘事而已。

但在此際，海運已開，清末學者所謂的九洲萬國知識，已漸啟其萌，於是光緒、宣統之間，便有憂時之士，如南海康有為、梁啟超等輩，以儒學經義而吸收西洋文化中的政學理念，用其所長的春秋、公羊主旨，提倡尊王師夷的維新學說，風靡一時，如捨康、梁在清末民初的大革命時期，偏執保皇主張的是非而不論，即以康有為滲入西方政學理念而著作的大同篇，對於民初各黨派革命志士的思想有大啟迪，此是現代歷史文化演變的事實，不可因其人其事而廢其言，與此同時，其間留學歐、美的名儒嚴幾道與辜鴻銘，皆能深通中國與西洋諸家學說，而終歸於儒，但限於時勢，人人皆等閒視之。今取其有關言論以資反思，如云：「嚴幾道精歐西文字，所譯書以瓖辭達奧旨，舉中外治術原理
，靡不究極原委，抉其得失，證明而會通之。常於廣眾中言自由、平等、權利諸說，要皆未嘗無利，倘無所折衷，則流蕩放佚，害且不可勝言。」「辜鴻銘論學，以正誼明道為歸。嘗謂歐、美主強權，務其外者也，中國主禮教（指禮記、儀禮、周禮經學），修其內者也。近人欲以歐、美政學變中國，是亂中國也。異日世界之爭必烈，無中國禮教（指禮記等經義之學）不能弭此禍也。」

至於推翻清朝，成立民國以後直到現在八十餘年的變故，儒家經義與孔、孟治國平天下的學術理念，幾乎已隨三千年的歷史陳跡而消失無遺，二十世紀中期以來，由於工商與精密科技的發達，貨幣金融的洪波巨浪，淹沒人文學術思想的潮流方興未艾，其間雖有少數對中國固有文化的多情學者，綜合新知，倡說新儒學、志為中流砥柱，實亦強弩之末，勢不能穿魯縞，名存而實亡，但其抱殘守缺精神，待時而興之志，誠可嘉賞。